În ciuda diferitelor conflicte regionale sau europene care au izbucnit în anii de existenţă a Comisiei Europene a Dunării (războaiele balcanice, Primul Război Mondial) chiar dacă activitatea a fost încetinită, ea a fost reluată după sfârşitul ostilităţilor, comisia păstrându-şi în timpul conflagraţiilor caracterul neutru definit de statutul ei. Însă organizarea Comisiei Europene a Dunării a fost un model de cooperare internaţională, pentru că printr-un acord mutual s’a decis ca funcţia executivă să fie asumată de un cetăţean englez, iar cea administrativă de unul francez, actele comisiei fiind redactate în limba franceză. În toată perioada ei de existenţă, Comisia Europeană a Dunării a beneficiat de nenumărate scutiri de taxe şi impozite, ca şi de dreptul de a arbora propriul ei drapel cu cinci benzi orizontale, două de culoare roşie,două de culoare albă şi una albastră, cu iniţialele C E D în alb.
În cele opt decenii de existenţă, Comisia Europeană a Dunării a dezvoltat o activitate tot atât de importantă din punct de vedere al amenajării cursului inferior al Dunării, cât şi pentru dezvoltarea economică şi socială a regiunii.
Astfel, între anii 1862 – 1902 au fost executate 10 tăieturi pe braţul Sulina, care au permis scurtarea drumului între mare şi Tulcea cu 249 km, suprimând 27 de cotituri şi aducând adâncimea minimă a canalului de la 3,66 m la 5,48 m. În toată perioada de existenţă Comisia Europeană a Dunării a asigurat buna funcţionare a circulaţiei fluviale, relizând dragaje, construind farul de la Sulina şi administrând traficul navelor.